Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia dan Pemberdayaan Masyarakat Desa, Daerah Tertinggal, dan Transmigrasi terdiri atas:
a. Sekretariat Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia dan Pemberdayaan Masyarakat Desa, Daerah Tertinggal, dan Transmigrasi;
b. Pusat Pengembangan Pemberdayaan Masyarakat Desa, Daerah Tertinggal, dan Transmigrasi;
c. Pusat Pelatihan Sumber Daya Manusia Desa, Daerah Tertinggal, dan Transmigrasi;
d. Pusat Pelatihan Pegawai Aparatur Sipil Negara Kementerian; dan
e. Pusat Pembinaan Jabatan Fungsional.